Сергей Дмитриевич Бодрунов родился 25 августа 1958 года в селе Брилево Гомельской области БССР.
Окончил Гомельский государственный университет им. Ф.Скорины, математический факультет. Окончил Международную высшую школу менеджмента в Брюсселе. Окончил докторантуру Российской экономической академии им. Г.В. Плеханова. Доктор экономических наук.
Работал в должностях директора Гомельского центра научно-технической информации, президента совета управляющих совместного предприятия «Инфотех», генерального директора Белорусского республиканского агентства научно-технической информации (на правах концерна).
С 1992 года — начальник отдела маркетинга, затем директор по внешнеэкономической деятельности и генеральный директор АО «Пирометр».
В 1998 году возглавил ОАО «Объединенный авиаприборостроительный консорциум».
С 2000 по 2009 год работал в должности генерального директора ОАО «Корпорация «Аэрокосмическое оборудование».
В 2006 году создал Санкт-Петербургскую инвестиционную компанию (СПИК), главными направлениями деятельности которой стали прямые и портфельные инвестиции в акции компаний промышленного сектора, компаний по управлению недвижимостью, финансовых институтов и компаний, участвующих в IT-проектах. К примеру, СПИК являлся основным (мажоритарным) акционером хорватского концерна по производству автокомпонентов AD Plastik (бывшего крупнейшего в Югославии концерна «Югопластика»), имеющего девять заводов в пяти европейских странах и России и являющегося партнером ряда крупнейших мировых автопроизводителей в кооперации первого и второго уровня: Volkswagen, Ford, Renault, «АвтоВАЗ», BMW, Suzuki, FIAT, Peugeot-Citroen, Bentley и др. При этом основные инвестиции СПИК относились к сфере недвижимости: коммерческая недвижимость (технопарки и бизнес-центры в Москве, Санкт-Петербурге и ряде других городов России), жилая недвижимость в Москве, Санкт-Петербурге и других городах мира, земельные участки в России (под создание коммерческой недвижимости).
С 2009 года — председатель Комитета экономического развития, промышленной политики и торговли Санкт-Петербурга и советник губернатора Санкт-Петербурга по экономике и промышленной политике.
С 2012 года начал продавать одни промышленные активы, а на базе других в Петербурге и Москве создавать девелоперский бизнес.
Главный редактор научного журнала «Экономическое возрождение России».
Один из учредителей и руководитель негосударственного некоммерческого партнерства по содействию в проведении научных исследований «Институт нового индустриального развития (ИНИР) им. С.Ю. Витте».
С 2016 года — президент Общероссийской общественной организации «Вольное экономическое общество России».
С 2018 года — президент Международного союза экономистов. В 2021 году доля в юрлице «Санкт-Петербургская инвестиционная компания» перешла к дочерям Бодрунова Светлане и Алине.
Открыто владеет или владел: ООО «СПИК-ПРОМ», ООО «МБС», ООО «АК «Прибор-Комплекс»«, ООО «ПИК», ООО «РПК», ООО «Авиайнвест», ООО «АК Технология-Плюс», ООО «АКПИР», ООО «АК Системотехника-Сервис», Санкт-Петербургский банк инвестиций (АО), ООО «СПИК», АО «Россолимо», ООО «Контур-НИИРС», ООО «ТСР», ООО «Универсальные технологии», ЗАО «Флайт».