Отар Леонтьевич Маргания родился 5 апреля 1959 года в Тбилиси. Окончил экономический факультет Ленинградского государственного университета (ЛГУ) с отличием в 1985 году. Получил степень кандидата экономических наук, защитив диссертацию на тему политэкономии. С 1988 по 1998 год преподавал на кафедре экономической теории ЛГУ, а также активно участвовал в работе Агентства регионального развития Санкт-Петербурга.
С начала 1990-х годов Маргания начал развивать бизнес в сфере поставок фруктов, а позже вошел в банковскую сферу. В 1994 году стал членом совета директоров банка «Пальмира», который в 2005 году был переименован в «КИТ Финанс». Занимал руководящие должности в ряде крупных российских банков, включая ВТБ и Промстройбанк. В 2010 году возглавил совет директоров банка «Возрождение».
Отар Маргания также активно участвует в научной и общественной деятельности. Он был деканом экономического факультета СПбГУ, президентом Центра исследований модернизации при Европейском университете в Санкт-Петербурге и членом Общественного совета при Министерстве финансов РФ. В 2009 году был награжден Орденом Почета.
Член попечительского совета Мариинского театра и Третьяковской галереи.
Открыто владеет или владел: Банк «Возрождение», Банк «КИТ Финанс», Промстройбанк.