Николай Дмитриевич Негодов родился 6 мая 1949 года в поселке Сурское Ульяновской области.
Окончил Ленинградский кораблестроительный институт по специальности «Судовые двигатели внутреннего сгорания», инженер-механик. Работал учеником слесаря на Армавирском приборостроительном заводе и инженером в Ленинградском кораблестроительном институте.
Служил в Управлении КГБ СССР по Ленинграду и Ленинградской области. Занимал должность первого заместителя начальника управления, курировал вопросы, связанные с транспортом. Имеет звание генерал-лейтенант.
В 2001 году был директором по персоналу пивоваренной компании «Балтика» в Санкт-Петербурге.
После стал заместителем директора Центра исследования проблем развития телекоммуникаций, советником министра связи и информатизации РФ. Занимал должность заместителя министра транспорта РФ, курировал вопросы международного сотрудничества и координации транспортных систем. После стал генеральным директором ФГУП «Росморпорт», а затем — членом совета директоров ОАО «Северо-Западное пароходство».
В 2017 году Николай Негодов вместе с супругой бывшего главы и генерала ФСО Евгения Мурова получили от Дмитрия Михальченко ряд активов, среди которых доли в структурах, управляющих портом Бронка, в Едином медицинском центре и многих других. В 2021 году доли семей высокопоставленных силовиков в структурах, управляющих портом Бронка, были переданы Росимуществу.
Открыто владеет или владел: ООО «Новая Голландия», ООО «Сталкер», ООО «Бронка Групп», ООО «Центрфинанс», ООО «УК Бронка Групп», ООО «Пром-Капитал», ООО «Сторент», ООО «Форум-Капитал», ООО «Инвест-Капитал».